สภาการแพทย์แผนไทย มีอำนาจหน้าที่ดังต่อไปนี้
(1) รับขึ้นทะเบียนและออกใบอนุญาตให้แก่ผู้ขอเป็นผู้ประกอบวิชาชีพการแพทย์แผนไทย และผู้ประกอบวิชาชีพการแพทย์แผนไทยประยุกต์
(2) ออกคำสั่งตามมาตรา 45
(3) รับรองปริญญา ประกาศนียบัตร หรือวุฒิบัตรในวิชาชีพการแพทย์แผนไทยของสถาบันต่าง ๆ เพื่อประโยชน์ในการสมัครเป็นสมาชิก
(4) รับรองหลักสูตรสำหรับการฝึกอบรมเป็นผู้ชำนาญการในด้านต่าง ๆ ของวิชาชีพการแพทย์แผนไทยของสถาบันที่ทำการฝึกอบรมดังกล่าว
(5) รับรองวิทยฐานะของสถาบันที่ทำการฝึกอบรมใน (4)
(6) ออกหนังสืออนุมัติหรือวุฒิบัตรแสดงความรู้ความชำนาญในการประกอบวิชาชีพการแพทย์แผนไทยและการประกอบวิชาชีพการแพทย์แผนไทยประยุกต์ และออกหนังสือแสดงวุฒิอื่นในวิชาชีพการแพทย์แผนไทย
(7) จัดทำแผนการดำเนินงานและรายงานผลการดำเนินงานเสนอต่อสภานายกพิเศษอย่างน้อยปีละครั้ง
(8) ดำเนินการให้เป็นไปตามวัตถุประสงค์ของสภาการแพทย์แผนไทย
(9) บริหารกิจการใด ๆ ตามวัตถุประสงค์ และอำนาจหน้าที่ตามพระราชบัญญัตินี้ ตลอดจนกิจการใด ๆ ของสภาการแพทย์แผนไทย