สภาการแพทย์แผนไทย มีวัตถุประสงค์ดังต่อไปนี้
(1) ส่งเสริมการศึกษา การพัฒนา การวิจัย การประกอบวิชาชีพการแพทย์แผนไทย และการประกอบวิชาชีพการแพทย์แผนไทยประยุกต์
(2) ควบคุม กำกับ ดูแล และกำหนดมาตรฐานการให้บริการของผู้ประกอบวิชาชีพการแพทย์แผนไทยและผู้ประกอบวิชาชีพการแพทย์แผนไทยประยุกต์
(3) ควบคุมความประพฤติ จริยธรรมของผู้ประกอบวิชาชีพการแพทย์แผนไทยและผู้ประกอบวิชาชีพการแพทย์แผนไทยประยุกต์ ให้เป็นไปตามจรรยาบรรณแห่งวิชาชีพการแพทย์แผนไทย
(4) ช่วยเหลือ แนะนำ เผยแพร่ และให้การศึกษาแก่ประชาชนและองค์กรอื่นในเรื่องที่เกี่ยวกับการแพทย์แผนไทย
(5) ให้คำปรึกษาหรือข้อเสนอแนะต่อรัฐบาลเกี่ยวกับวิชาชีพการแพทย์แผนไทย
(6) ส่งเสริมความสามัคคีและผดุงเกียรติของสมาชิก
(7) ผดุงไว้ซึ่งสิทธิ ความเป็นธรรม และส่งเสริมสวัสดิการให้แก่สมาชิก
(8) เป็นตัวแทนผู้ประกอบวิชาชีพการแพทย์แผนไทยและผู้ประกอบวิชาชีพการแพทย์แผนไทยประยุกต์ของประเทศไทย