สำนักงานมีหน้าที่และอำนาจ ดังต่อไปนี้
(1) รับผิดชอบในงานธุรการและงานวิชาการของคณะกรรมการนโยบาย
(2) เสนอแนะคณะกรรมการนโยบายเกี่ยวกับการดำเนินงานตามมาตรา 11 และมาตรา 12
(3) ศึกษาวิเคราะห์ผลกระทบเบื้องต้นจากการกำหนดและการดำเนินการตามนโยบาย แผนและมาตรการต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการพัฒนาเขตพัฒนาพิเศษภาคตะวันออก รวมตลอดทั้งแนวทางหรือมาตรการป้องกัน แก้ไข หรือเยียวยาผลกระทบดังกล่าวเสนอต่อคณะกรรมการนโยบาย
(4) กำกับ ติดตาม และรายงานความคืบหน้าในการพัฒนาเขตพัฒนาพิเศษภาคตะวันออกต่อคณะกรรมการนโยบายอย่างน้อยทุกสามเดือน
(5) จัดทำรายงานประจำปีเกี่ยวกับการปฏิบัติตามพระราชบัญญัตินี้เสนอคณะรัฐมนตรีเพื่อเสนอต่อสภาผู้แทนราษฎรและวุฒิสภาเพื่อทราบ
(6) ประสานงานกับหน่วยงานของรัฐที่เกี่ยวข้องเพื่อให้การดำเนินการพัฒนาเขตพัฒนาพิเศษภาคตะวันออกเป็นไปตามนโยบาย แผน และมาตรการที่คณะกรรมการนโยบายกำหนด
(7) ศึกษาความเหมาะสมและความเป็นไปได้ในการกำหนดเขตส่งเสริมเศรษฐกิจพิเศษ
(8) ลงทุนหรือร่วมลงทุนกับบุคคลอื่นทั้งในประเทศและต่างประเทศเพื่อการประกอบกิจการที่เป็นประโยชน์ต่อการพัฒนาเขตพัฒนาพิเศษภาคตะวันออกและเขตส่งเสริมเศรษฐกิจพิเศษ
(9) ตั้งบริษัทจำกัดหรือบริษัทมหาชนจำกัดเพื่อประกอบกิจการที่เป็นประโยชน์ต่อการพัฒนาเขตพัฒนาพิเศษภาคตะวันออกและเขตส่งเสริมเศรษฐกิจพิเศษ
(10) กู้ยืมเงินเพื่อใช้จ่ายในกิจการของสำนักงาน
(11) ปฏิบัติการอื่นใดตามที่กำหนดไว้ในพระราชบัญญัตินี้หรือกฎหมายอื่น หรือตามที่คณะรัฐมนตรีหรือคณะกรรมการนโยบายมอบหมาย
ในการดำเนินการตาม (8) (9) และ (10) ให้กระทำได้เมื่อได้รับอนุมัติจากคณะกรรมการนโยบายแล้ว โดยคณะกรรมการนโยบายอาจกำหนดเงื่อนไขตามที่เห็นสมควรก็ได้ และในกรณีการดำเนินการตาม (10) ถ้าเกินห้าสิบล้านบาทต้องได้รับความเห็นชอบจากคณะรัฐมนตรีก่อน