ให้มีสำนักงานคณะกรรมการนโยบายเขตพัฒนาพิเศษภาคตะวันออกมีฐานะเป็นนิติบุคคลที่เป็นหน่วยงานของรัฐ แต่ไม่เป็นส่วนราชการหรือรัฐวิสาหกิจตามกฎหมายว่าด้วยวิธีการงบประมาณและกฎหมายอื่น แต่ในกรณีที่รัฐจะจัดสรรเงินอุดหนุนทั่วไปหรืองบประมาณอื่นใดให้แก่สำนักงาน ให้สำนักงบประมาณมีหน้าที่จัดสรรเงินงบประมาณให้แก่สำนักงานได้โดยตรง
ให้สำนักงานเป็นหน่วยงานเลขานุการของคณะกรรมการนโยบาย
กิจการของสำนักงานไม่อยู่ภายใต้บังคับแห่งกฎหมายว่าด้วยการคุ้มครองแรงงาน กฎหมายว่าด้วยแรงงานสัมพันธ์ กฎหมายว่าด้วยประกันสังคม และกฎหมายว่าด้วยเงินทดแทน แต่พนักงานและลูกจ้างของสำนักงานต้องได้รับประโยชน์ตอบแทนโดยรวมไม่น้อยกว่าที่กำหนดไว้ในกฎหมายว่าด้วยการคุ้มครองแรงงาน กฎหมายว่าด้วยประกันสังคม และกฎหมายว่าด้วยเงินทดแทน