ให้สำนักงานทำหน้าที่เป็นสำนักงานเลขานุการของ กนช. โดยให้มีหน้าที่และอำนาจ ดังต่อไปนี้
(1) รับผิดชอบงานธุรการของ กนช. และคณะอนุกรรมการ
(2) กลั่นกรองและเสนอความเห็นต่อ กนช. เพื่อประกอบการพิจารณาดำเนินการตามมาตรา 17 (1) (2) (3) และมาตรา 24
(3) จัดทำผังน้ำเสนอ กนช. เพื่อพิจารณาให้ความเห็นชอบตามมาตรา 17 (5)
(4) ประสานการดำเนินงานกับคณะกรรมการลุ่มน้ำ หน่วยงานของรัฐ องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น และภาคส่วนต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องเพื่อปฏิบัติการตามพระราชบัญญัตินี้
(5) รวบรวมและจัดเตรียมข้อมูล ศึกษา วิเคราะห์ วิจัย และริเริ่มกิจกรรมหรือโครงการใด ๆ เพื่อประโยชน์ในการดำเนินงานของ กนช.
(6) ให้คำแนะนำและสนับสนุนหน่วยงานของรัฐและองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นที่เกี่ยวข้องกับการบริหารทรัพยากรน้ำ รวมทั้งการดำเนินงานของคณะกรรมการลุ่มน้ำตามที่ได้รับการร้องขอ
(7) อำนวยการและกำกับดูแลโครงการสำคัญระดับชาติหรือโครงการเร่งด่วนที่จำเป็นต้องมีการประสานการทำงานหลายหน่วยงานตามที่ กนช. มอบหมาย
(8) ติดตาม ประเมินผล และเสนอความเห็นเกี่ยวกับการดำเนินงานของคณะกรรมการลุ่มน้ำหน่วยงานของรัฐ และองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นที่เกี่ยวข้องกับการบริหารทรัพยากรน้ำ และรายงานต่อ กนช.
(9) กำกับดูแลและบริหารจัดการระบบสารสนเทศทรัพยากรน้ำโดยให้หน่วยงานที่ กนช. กำหนดสนับสนุนข้อมูลและเชื่อมโยงระบบสารสนเทศที่เป็นปัจจุบันเพื่อประโยชน์ในการบริหารทรัพยากรน้ำทั้งในภาวะปกติและภาวะวิกฤติ
(10) ส่งเสริมและสนับสนุนให้ภาคเอกชน ประชาชน และชุมชนที่เกี่ยวข้องมีส่วนร่วมในด้านการใช้ การพัฒนา การบริหารจัดการ การบำรุงรักษา การฟื้นฟู การอนุรักษ์ และการดำเนินการอื่นใดเกี่ยวกับทรัพยากรน้ำ
(11) จัดทำงบประมาณเพื่อเป็นค่าใช้จ่ายสำหรับเบี้ยประชุม ค่าพาหนะ ค่าเบี้ยเลี้ยง ค่าเช่าที่พัก และค่าใช้จ่ายอย่างอื่นที่เกี่ยวกับการดำเนินงานของ กนช. คณะกรรมการลุ่มน้ำ และคณะอนุกรรมการ
(12) ปฏิบัติการอื่นใดตามที่กำหนดในพระราชบัญญัตินี้ หรือตามที่ กนช. มอบหมาย
การจัดทำผังน้ำตาม (3) ต้องจัดให้มีรายการประกอบผังน้ำเพื่ออธิบายวัตถุประสงค์ของผังน้ำและรายละเอียดที่ปรากฏอยู่ในผังน้ำ ทั้งนี้ การจัดทำผังน้ำต้องจัดให้มีการรับฟังความคิดเห็นของคณะกรรมการลุ่มน้ำ หน่วยงานของรัฐ องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น และประชาชนที่เกี่ยวข้องตามความเหมาะสม