ในระหว่างที่ยังไม่ได้มีการตราพระราชกฤษฎีกากำหนดลุ่มน้ำตามมาตรา 25 ให้คณะกรรมการลุ่มน้ำตามระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรี ว่าด้วยการบริหารทรัพยากรน้ำแห่งชาติ พ.ศ. 2550 และที่แก้ไขเพิ่มเติม ซึ่งดำรงตำแหน่งอยู่ในวันก่อนวันที่พระราชกฤษฎีกากำหนดลุ่มน้ำตามมาตรา 25 ใช้บังคับคง ปฏิบัติหน้าที่คณะกรรมการลุ่มน้ำตามลุ่มน้ำเดิมที่รับผิดชอบไปพลางก่อนและให้เลขาธิการแต่งตั้งข้าราชการของสำนักงานหนึ่งคนเป็นกรรมการลุ่มน้ำและเลขานุการ และผู้ช่วยเลขานุการอีกไม่เกินสองคน
ให้เลขานุการและผู้ช่วยเลขานุการตามวรรคหนึ่งปฏิบัติหน้าที่แทนเลขานุการและผู้ช่วยเลขานุการของคณะกรรมการลุ่มน้ำที่มีอยู่เดิมตามระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรี ว่าด้วยการบริหารทรัพยากรน้ำแห่งชาติ พ.ศ. 2550 และที่แก้ไขเพิ่มเติม
ในกรณีที่มีการตราพระราชกฤษฎีกากำหนดลุ่มน้ำตามมาตรา 25 แล้ว โดยลุ่มน้ำที่กำหนดขึ้นไม่ได้แตกต่างจากลุ่มน้ำที่มีอยู่ในวันก่อนวันที่พระราชกฤษฎีกาดังกล่าวใช้บังคับ และยังไม่มีคณะกรรมการลุ่มน้ำประจำลุ่มน้ำตามมาตรา 27 ให้คณะกรรมการลุ่มน้ำตามวรรคหนึ่งปฏิบัติหน้าที่เป็นคณะกรรมการลุ่มน้ำประจำลุ่มน้ำตามมาตรา 27 ไปพลางก่อนจนกว่าจะมีคณะกรรมการลุ่มน้ำประจำลุ่มน้ำตามมาตรา 27 ทั้งนี้ ไม่เกินสองปีนับแต่วันที่พระราชบัญญัตินี้ใช้บังคับ
ในกรณีที่มีการตราพระราชกฤษฎีกากำหนดลุ่มน้ำตามมาตรา 25 แล้ว โดยลุ่มน้ำที่กำหนดขึ้นแตกต่างจากลุ่มน้ำที่มีอยู่ในวันก่อนวันที่พระราชกฤษฎีกาดังกล่าวใช้บังคับ และยังไม่มีคณะกรรมการลุ่มน้ำประจำลุ่มน้ำตามมาตรา 27 ให้คณะกรรมการทรัพยากรน้ำแห่งชาติตามคำสั่งสำนักนายกรัฐมนตรีที่ 24/2561 เรื่อง แต่งตั้งคณะกรรมการทรัพยากรน้ำแห่งชาติ ลงวันที่ 29 มกราคม พ.ศ. 2561 มอบหมายให้คณะกรรมการลุ่มน้ำตามวรรคหนึ่งคณะหนึ่งคณะใดปฏิบัติหน้าที่เป็นคณะกรรมการลุ่มน้ำประจำลุ่มน้ำตามมาตรา 27 ไปพลางก่อนจนกว่าจะมีคณะกรรมการลุ่มน้ำประจำลุ่มน้ำตามมาตรา 27 ทั้งนี้ ไม่เกินสองปีนับแต่วันที่พระราชบัญญัตินี้ใช้บังคับ ในกรณีเช่นนี้ ให้คณะกรรมการลุ่มน้ำตามวรรคหนึ่งที่ยังคงปฏิบัติหน้าที่ในลุ่มน้ำดังกล่าวแต่ไม่ได้รับมอบหมายให้ปฏิบัติหน้าที่ตามความในวรรคนี้สิ้นสุดการปฏิบัติหน้าที่นับแต่วันที่ได้มีการมอบหมายให้คณะกรรมการลุ่มน้ำคณะหนึ่งคณะใดปฏิบัติหน้าที่
ให้นำความในมาตรา 16 มาตรา 20 วรรคหนึ่งและวรรคสี่ มาตรา 21 และมาตรา 22 มาใช้บังคับแก่การประชุมและการดำเนินการของคณะกรรมการลุ่มน้ำตามวรรคสามและวรรคสี่ด้วยโดยอนุโลม