อธิการบดีนั้นจะได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งจากผู้มีคุณสมบัติตามมาตรา 37 โดยคำแนะนำของสภามหาวิทยาลัย และให้มีวาระการดำรงตำแหน่งคราวละสามปี และจะทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งใหม่อีกได้ แต่จะดำรงตำแหน่งติดต่อกันเกินสองวาระมิได้
นอกจากการพ้นจากตำแหน่งตามวาระตามวรรคหนึ่ง อธิการบดีพ้นจากตำแหน่งเมื่อ
(1) ตาย
(2) ลาออก
(3) ขาดคุณสมบัติตามมาตรา 37
(4) เป็นคนไร้ความสามารถหรือคนเสมือนไร้ความสามารถ
(5) เป็นบุคคลล้มละลาย
(6) สภามหาวิทยาลัยมีมติให้ถอดถอนด้วยคะแนนเสียงเกินกว่ากึ่งหนึ่งของจำนวนกรรมการทั้งหมดเท่าที่มีอยู่ เพราะบกพร่องต่อหน้าที่ มีความประพฤติเสื่อมเสีย หย่อนความสามารถ หรือมีการกระทำใดอันขัดต่อปณิธานของมหาวิทยาลัยตามมาตรา 7 วรรคสอง
(7) ถูกจำคุกโดยคำพิพากษาถึงที่สุดให้จำคุก
ให้สภามหาวิทยาลัยแต่งตั้งรองอธิการบดีจากผู้มีคุณสมบัติตามมาตรา 38 วรรคหนึ่งโดยคำแนะนำของอธิการบดี
ให้อธิการบดีแต่งตั้งผู้ช่วยอธิการบดีจากผู้มีคุณสมบัติตามมาตรา 38 วรรคสอง และให้มีอำนาจถอดถอนผู้ช่วยอธิการบดีด้วย
เมื่ออธิการบดีพ้นจากตำแหน่ง ให้รองอธิการบดีและผู้ช่วยอธิการบดีพ้นจากตำแหน่งด้วยและให้นำความในวรรคสองมาใช้บังคับกับรองอธิการบดีและผู้ช่วยอธิการบดีด้วยโดยอนุโลม