ในระหว่างที่ธนาคารมีสถานะเป็นรัฐวิสาหกิจตามกฎหมายว่าด้วยวิธีการงบประมาณ ให้รัฐมนตรีมีอำนาจหน้าที่กำกับดูแลโดยทั่วไปซึ่งกิจการของธนาคาร เพื่อการนี้ จะสั่งให้ธนาคารชี้แจงข้อเท็จจริง แสดงความคิดเห็น ทำรายงาน หรือยับยั้งการกระทำของธนาคารซึ่งขัดต่อนโยบายของรัฐบาลหรือมติคณะรัฐมนตรี ตลอดจนกำหนดหลักเกณฑ์การกำกับดูแล รวมทั้งมีอำนาจสั่งให้ธนาคารปฏิบัติการตามนโยบายของรัฐบาลหรือมติคณะรัฐมนตรีและสั่งสอบสวนข้อเท็จจริงที่เกี่ยวกับการดำเนินงานของธนาคารได้
เมื่อธนาคารไม่มีสถานะเป็นรัฐวิสาหกิจตามกฎหมายว่าด้วยวิธีการงบประมาณ ให้รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลังมีอำนาจกำหนดหลักเกณฑ์การกำกับดูแลความมั่นคงของธนาคารและมีอำนาจตรวจสอบกิจการ สินทรัพย์และหนี้สินของธนาคารได้ ในการนี้รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลังจะมอบหมายให้ธนาคารแห่งประเทศไทยปฏิบัติการดังกล่าวทั้งหมดหรือเพียงบางส่วนก็ได้