นอกจากการพ้นจากตำแหน่งตามวาระ กรรมการผู้ทรงคุณวุฒิตามมาตรา 16/1 พ้นจากตำแหน่งเมื่อ
(1) ตาย
(2) ลาออก
(3) มีอายุครบเจ็ดสิบปีบริบูรณ์
(4) รัฐมนตรีมีคำสั่งให้ออกโดยคำแนะนำของคณะกรรมการ ก.ล.ต. ที่มีมติให้ออกด้วยคะแนนเสียงไม่น้อยกว่าสองในสามของจำนวนกรรมการทั้งหมด ทั้งนี้ คำสั่งให้ออกดังกล่าวต้องแสดงเหตุผลอย่างชัดแจ้ง
(5) เป็นผู้มีลักษณะต้องห้ามตามมาตรา 16/2
ในกรณีที่กรรมการผู้ทรงคุณวุฒิพ้นจากตำแหน่งก่อนวาระ รัฐมนตรีอาจแต่งตั้งผู้อื่นเป็นกรรมการผู้ทรงคุณวุฒิแทน และให้ผู้ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งแทนอยู่ในตำแหน่งเท่ากับวาระที่เหลืออยู่ของกรรมการผู้ทรงคุณวุฒิที่ตนแทน
ในระหว่างที่ยังมิได้แต่งตั้งกรรมการผู้ทรงคุณวุฒิขึ้นใหม่ ให้กรรมการกำกับตลาดทุนเท่าที่เหลืออยู่ปฏิบัติหน้าที่ต่อไปได้ แต่ต้องไม่น้อยกว่าห้าคน