บทบัญญัติมาตรา 54 วรรคสอง มิให้นำมาใช้บังคับกับกรณีที่บริษัทปรับโครงสร้างหนี้โดยการออกหุ้นใหม่เพื่อชำระหนี้แก่เจ้าหนี้ตามโครงการแปลงหนี้เป็นทุนซึ่งได้รับอนุมัติจากที่ประชุมผู้ถือหุ้นด้วยคะแนนเสียงไม่น้อยกว่าสามในสี่ของจำนวนเสียงทั้งหมดของผู้ถือหุ้นซึ่งมาประชุมและมีสิทธิออกเสียงลงคะแนน
การออกหุ้นเพื่อชำระหนี้และโครงการแปลงหนี้เป็นทุนตามวรรคหนึ่ง ให้เป็นไปตามหลักเกณฑ์และวิธีการที่กำหนดในกฎกระทรวง