ในกรณีที่ผู้ดำรงตำแหน่งอธิการบดีไม่อยู่หรือไม่อาจปฏิบัติราชการได้ ให้รองอธิการบดีเป็นผู้รักษาราชการแทน ถ้ามีรองอธิการบดีหลายคน ให้รองอธิการบดีซึ่งอธิการบดีมอบหมายเป็นผู้รักษาราชการแทน ถ้าอธิการบดีมิได้มอบหมาย ให้รองอธิการบดีซึ่งมีอาวุโสสูงสุดเป็นผู้รักษาราชการแทน
ในกรณีที่ไม่มีผู้รักษาราชการแทนอธิการบดีตามความในวรรคหนึ่ง หรือมีแต่ไม่อาจปฏิบัติราชการได้หรือไม่มีผู้ดำรงตำแหน่งอธิการบดี ให้สภาสถาบันแต่งตั้งบุคคลผู้มีคุณสมบัติตามมาตรา 28 วรรคหนึ่ง เป็นผู้รักษาราชการแทนอธิการบดี และให้นำความในมาตรา 39 วรรคสอง มาใช้บังคับโดยอนุโลม