ข้าราชการซึ่งสถาบันรับเข้าเป็นพนักงานสถาบันตามมาตรา 87 และมาตรา 92 ให้ถือว่าเป็นการให้ออกจากราชการเพราะทางราชการเลิกหรือยุบตำแหน่งตามกฎหมายว่าด้วยบำเหน็จบำนาญข้าราชการ หรือกฎหมายว่าด้วยกองทุนบำเหน็จบำนาญข้าราชการ แล้วแต่กรณี ทั้งนี้ นับแต่วันที่สถาบันรับเข้าเป็นพนักงานสถาบัน
ลูกจ้างประจำของส่วนราชการซึ่งสถาบันรับเข้าเป็นพนักงานสถาบันหรือลูกจ้างของสถาบันตามมาตรา 92 ให้ถือว่าเป็นการออกจากงานเพราะทางราชการยุบตำแหน่ง และให้มีสิทธิได้รับบำเหน็จตามระเบียบกระทรวงการคลังว่าด้วยบำเหน็จลูกจ้าง
ข้าราชการซึ่งเป็นสมาชิกกองทุนบำเหน็จบำนาญข้าราชการอยู่แล้ว ให้มีสิทธิขอเป็นสมาชิกต่อไปได้แม้จะออกจากราชการแล้ว ในกรณีเช่นนี้ให้ถือว่าเป็นข้าราชการบำนาญ และมีสิทธิได้รับสวัสดิการจากทางราชการเช่นเดียวกับผู้ได้รับบำนาญตามกฎหมายว่าด้วยกองทุนบำเหน็จบำนาญข้าราชการ
พนักงานสถาบันซึ่งได้รับสิทธิประโยชน์ในฐานะข้าราชการบำนาญแล้ว ให้ได้รับยกเว้นไม่ต้องอยู่ภายใต้บังคับกฎหมายว่าด้วยการประกันสังคม แต่ไม่ตัดสิทธิที่จะประกันตนด้วยความสมัครใจ