อธิการบดีมีวาระการดำรงตำแหน่งคราวละสามปี และจะทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งใหม่อีกได้ แต่จะดำรงตำแหน่งเกินสองวาระติดต่อกันมิได้
เมื่ออธิการบดีพ้นจากตำแหน่ง ให้รองอธิการบดีและผู้ช่วยอธิการบดีพ้นจากตำแหน่งด้วย
นอกจากการพ้นจากตำแหน่งตามวาระ อธิการบดีพ้นจากตำแหน่งเมื่อ
(1) ตาย
(2) ลาออก
(3) ขาดคุณสมบัติหรือมีลักษณะต้องห้ามตามมาตรา 38
(4) เป็นคนไร้ความสามารถหรือคนเสมือนไร้ความสามารถ
(5) เป็นบุคคลล้มละลาย
(6) สภาสถาบันมีมติให้ถอดถอนด้วยคะแนนเสียงเกินกว่ากึ่งหนึ่งของจำนวนกรรมการทั้งหมด เพราะบกพร่องต่อหน้าที่ มีความประพฤติเสื่อมเสีย หรือหย่อนความสามารถ
(7) สภาสถาบันมีมติให้พ้นจากตำแหน่ง เนื่องจากไม่ผ่านการประเมินตามหลักเกณฑ์ที่สภาสถาบันกำหนดตามมาตรา 54
(8) ถูกจำคุกโดยคำพิพากษาถึงที่สุดให้จำคุก