ให้สำนักงานมีอำนาจหน้าที่ ดังต่อไปนี้
(1) รับผิดชอบงานธุรการของคณะกรรมการ คณะกรรมการควบคุมคุณภาพและมาตรฐาน คณะอนุกรรมการของคณะกรรมการดังกล่าว และคณะกรรมการสอบสวน
(2) เก็บ รวบรวม วิเคราะห์ข้อมูลเกี่ยวกับการดำเนินงานการบริการสาธารณสุข
(3) จัดให้มีทะเบียนผู้รับบริการ หน่วยบริการ และเครือข่ายหน่วยบริการ
(4) บริหารกองทุนให้เป็นไปตามระเบียบที่คณะกรรมการกำหนด
(5) จ่ายค่าใช้จ่ายเพื่อบริการสาธารณสุขตามที่คณะกรรมการกำหนดให้แก่หน่วยบริการและเครือข่ายหน่วยบริการตามมาตรา 46
(6) ตรวจสอบเอกสารหลักฐานการเรียกเก็บค่าใช้จ่ายเพื่อบริการสาธารณสุขของหน่วยบริการ
(7) ดำเนินการเพื่อให้ประชาชนมีหน่วยบริการประจำ และการขอเปลี่ยนหน่วยบริการประจำ รวมทั้งประชาสัมพันธ์เพื่อให้ประชาชนทราบข้อมูลของหน่วยบริการ
(8) กำกับดูแลหน่วยบริการและเครือข่ายหน่วยบริการในการให้บริการสาธารณสุขให้เป็นไปตามมาตรฐานที่คณะกรรมการกำหนด และอำนวยความสะดวกในการเสนอเรื่องร้องเรียน
(9) ถือกรรมสิทธิ์ มีสิทธิครอบครอง และมีทรัพยสิทธิต่าง ๆ
(10) ก่อตั้งสิทธิและทำนิติกรรมสัญญาหรือข้อตกลงใด ๆ เกี่ยวกับทรัพย์สิน
(11) เรียกเก็บค่าธรรมเนียมหรือค่าบริการในการดำเนินกิจการของสำนักงาน
(12) มอบให้องค์กรอื่นหรือบุคคลอื่นทำกิจการที่อยู่ภายในอำนาจหน้าที่ของสำนักงาน
(13) จัดทำรายงานประจำปีเกี่ยวกับผลงานและอุปสรรคในการดำเนินงานของคณะกรรมการและคณะกรรมการควบคุมคุณภาพและมาตรฐาน และเผยแพร่ต่อสาธารณชน
(14) ปฏิบัติหน้าที่อื่นตามที่พระราชบัญญัตินี้หรือกฎหมายอื่นบัญญัติให้เป็นอำนาจหน้าที่ของสำนักงานหรือตามที่คณะกรรมการหรือคณะกรรมการควบคุมคุณภาพและมาตรฐานมอบหมาย