คณะกรรมการมีอำนาจหน้าที่ ดังต่อไปนี้
(1) กำหนดมาตรฐานการให้บริการสาธารณสุขของหน่วยบริการ และเครือข่ายหน่วยบริการ และกำหนดมาตรการในการดำเนินงานเกี่ยวกับหลักประกันสุขภาพแห่งชาติให้มีประสิทธิภาพ
(2) ให้คำแนะนำต่อรัฐมนตรีในการแต่งตั้งพนักงานเจ้าหน้าที่ ออกกฎกระทรวงและประกาศเพื่อปฏิบัติการตามพระราชบัญญัตินี้
(3) กำหนดประเภทและขอบเขตในการให้บริการสาธารณสุขที่จำเป็นต่อสุขภาพและการดำรงชีวิต และอัตราค่าบริการสาธารณสุขตามมาตรา 5
(4) กำหนดหลักเกณฑ์การดำเนินงานและการบริหารจัดการกองทุน
(5) กำหนดหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไข ในการถอดถอนเลขาธิการตามมาตรา 31 และกำหนดคุณสมบัติหรือลักษณะต้องห้ามของเลขาธิการตามมาตรา 32
(6) ออกระเบียบเกี่ยวกับการรับเงิน การจ่ายเงิน และการรักษาเงินกองทุน รวมทั้งการจัดหาผลประโยชน์ตามมาตรา 40
(7) กำหนดหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขในการจ่ายเงินช่วยเหลือเบื้องต้น ในกรณีที่ผู้รับบริการได้รับความเสียหายที่เกิดขึ้นจากการรักษาพยาบาลโดยหาผู้กระทำผิดมิได้ หรือหาผู้กระทำผิดได้แต่ผู้รับบริการไม่ได้รับค่าเสียหายภายในระยะเวลาอันสมควรตามมาตรา 41
(8) สนับสนุนและประสานกับองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นในการดำเนินงานและบริหารจัดการระบบหลักประกันสุขภาพในระดับท้องถิ่นหรือพื้นที่ได้ตามความพร้อม ความเหมาะสมและความต้องการ เพื่อสร้างหลักประกันสุขภาพแห่งชาติให้แก่บุคคลในพื้นที่ตามมาตรา 47
(9) สนับสนุนและกำหนดหลักเกณฑ์ให้องค์กรชุมชน องค์กรเอกชนและภาคเอกชนที่ไม่มีวัตถุประสงค์เพื่อดำเนินการแสวงหาผลกำไร ดำเนินงานและบริหารจัดการเงินทุนในระดับท้องถิ่นหรือพื้นที่ได้ตามความพร้อม ความเหมาะสม และความต้องการ โดยส่งเสริมกระบวนการมีส่วนร่วมเพื่อสร้างหลักประกันสุขภาพแห่งชาติให้แก่บุคคลในพื้นที่ตามมาตรา 47
(10) กำหนดหลักเกณฑ์เกี่ยวกับการรับฟังความคิดเห็นจากผู้ให้บริการและผู้รับบริการเพื่อประโยชน์ในการปรับปรุงคุณภาพและมาตรฐานบริการสาธารณสุข
(11) กำหนดหลักเกณฑ์เกี่ยวกับการลงโทษปรับทางปกครองและการเพิกถอนการขึ้นทะเบียน
(12) จัดทำรายงานเกี่ยวกับผลงานและอุปสรรคในการดำเนินงาน รวมทั้งบัญชีและการเงินทุกประเภทของคณะกรรมการ แล้วรายงานต่อคณะรัฐมนตรี สภาผู้แทนราษฎร และวุฒิสภาเป็นประจำทุกปีภายในหกเดือนนับแต่วันสิ้นปีงบประมาณ
(13) จัดประชุมเพื่อให้คณะกรรมการรับฟังความคิดเห็นโดยทั่วไปจากผู้ให้บริการและผู้รับบริการเป็นประจำทุกปี
(14) ปฏิบัติหน้าที่อื่นตามที่พระราชบัญญัตินี้หรือกฎหมายอื่นกำหนดให้เป็นอำนาจหน้าที่ของคณะกรรมการหรือตามที่คณะรัฐมนตรีมอบหมาย