ให้มีคณะกรรมการบริหารสำนักงานปฏิรูปการศึกษาจำนวนเก้าคน ประกอบด้วย ประธานกรรมการและกรรมการ ซึ่งคณะรัฐมนตรีแต่งตั้งจากผู้มีความรู้ความสามารถ มีประสบการณ์และมีความเชี่ยวชาญด้านการบริหารการศึกษา การบริหารรัฐกิจ การบริหารงานบุคคล การงบประมาณ การเงินและการคลัง กฎหมายมหาชน และกฎหมายการศึกษา ทั้งนี้ จะต้องมีผู้ทรงคุณวุฒิ ซึ่งมิใช่ข้าราชการหรือผู้ปฏิบัติงานในหน่วยงานของรัฐรวมอยู่ด้วย ไม่น้อยกว่าสามคน
ให้คณะกรรมการบริหารมีอำนาจแต่งตั้งผู้ทรงคุณวุฒิเป็นที่ปรึกษา และแต่งตั้งคณะอนุกรรมการ เพื่อปฏิบัติการตามที่คณะกรรมการบริหารมอบหมายได้
ให้เลขาธิการสำนักงานปฏิรูปการศึกษา เป็นกรรมการและเลขานุการของคณะกรรมการบริหาร และบริหารกิจการของสำนักงานปฏิรูปการศึกษาภายใต้การกำกับดูแลของคณะกรรมการบริหาร
คณะกรรมการบริหารและเลขาธิการมีวาระการดำรงตำแหน่งวาระเดียวเป็นเวลาสามปี เมื่อครบวาระแล้วให้ยุบเลิกตำแหน่งและสำนักงานปฏิรูปการศึกษา