กระทรวงยุติธรรม มีส่วนราชการ ดังต่อไปนี้
(1) สำนักงานรัฐมนตรี
(2) สำนักงานปลัดกระทรวง
(3) กรมคุมประพฤติ
(4) กรมคุ้มครองสิทธิและเสรีภาพ
(5) กรมบังคับคดี
(6) กรมพินิจและคุ้มครองเด็กและเยาวชน
(7) กรมราชทัณฑ์
(8) กรมสอบสวนคดีพิเศษ
(9) สำนักงานกิจการยุติธรรม
(10) สถาบันนิติวิทยาศาสตร์
ส่วนราชการที่อยู่ในบังคับบัญชาขึ้นตรงต่อรัฐมนตรี
(11) สำนักงานคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามยาเสพติด