กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม มีส่วนราชการ ดังต่อไปนี้
(1) สำนักงานรัฐมนตรี
(2) สำนักงานปลัดกระทรวง
(3) กรมควบคุมมลพิษ
(4) กรมทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง
(5) กรมทรัพยากรธรณี
(6) กรมทรัพยากรน้ำ
(7) กรมทรัพยากรน้ำบาดาล
(7/1) กรมป่าไม้
(8) กรมการเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศและสิ่งแวดล้อม
(9) กรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่า และพันธุ์พืช
(10) สำนักงานนโยบายและแผนทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม
[คำว่า "กรมการเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศและสิ่งแวดล้อม" ได้เปลี่ยนชื่อจากเดิมโดยผลของพระราชกฤษฎีกาเปลี่ยนชื่อกรมส่งเสริมคุณภาพสิ่งแวดล้อม เป็นกรมการเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศและสิ่งแวดล้อม พ.ศ. 2566]