กระทรวงสาธารณสุข มีส่วนราชการ ดังต่อไปนี้
(1) สำนักงานรัฐมนตรี
(2) สำนักงานปลัดกระทรวง
(3) กรมการแพทย์
(4) กรมควบคุมโรค
(5) กรมการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก
(6) กรมวิทยาศาสตร์การแพทย์
(7) กรมสนับสนุนบริการสุขภาพ
(8) กรมสุขภาพจิต
(9) กรมอนามัย
(10) สำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา
[คำว่า “กรมการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก” ได้เปลี่ยนชื่อจากเดิมโดยผลของพระราชกฤษฎีกาเปลี่ยนชื่อกรมพัฒนาการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก เป็นกรมการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก พ.ศ. 2560]