กระทรวงคมนาคม มีส่วนราชการ ดังต่อไปนี้
(1) สำนักงานรัฐมนตรี
(2) สำนักงานปลัดกระทรวง
(3) กรมเจ้าท่า
(4) กรมการขนส่งทางบก
(4/1) กรมการขนส่งทางราง
(5) กรมท่าอากาศยาน
(6) กรมทางหลวง
(7) กรมทางหลวงชนบท
(8) สำนักงานนโยบายและแผนการขนส่งและจราจร
[คำว่า “กรมเจ้าท่า” ได้เปลี่ยนชื่อจากเดิมโดยผลของพระราชกฤษฎีกาเปลี่ยนชื่อกรมการขนส่งทางน้ำและพาณิชยนาวี เป็นกรมเจ้าท่า พ.ศ. 2552]