ศาลทหารในเวลาปกติให้อัยการทหารหรือผู้เสียหายซึ่งเป็นบุคคลที่อยู่ในอำนาจศาลทหารมีอำนาจเป็นโจทก์ฟ้องคดีอาญา แต่ถ้าผู้เสียหายมิได้เป็นบุคคลที่อยู่ในอำนาจศาลทหารแล้ว ต้องมอบคดีให้อัยการทหารเป็นโจทก์
ศาลทหารในเวลาไม่ปกติหรือศาลอาญาศึก หรือศาลที่พิจารณาพิพากษาคดีแทนศาลอาญาศึกตามความในมาตรา 40 และมาตรา 43 ให้อัยการทหารเท่านั้นมีอำนาจเป็นโจทก์ ผู้เสียหายจะเป็นบุคคลที่อยู่ในอำนาจศาลทหารหรือไม่ก็ตาม ต้องมอบคดีให้อัยการทหารเป็นโจทก์