ให้มหาวิทยาลัยแม่โจ้ตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยแม่โจ้ พ.ศ. 2539 เป็นมหาวิทยาลัยแม่โจ้ตามพระราชบัญญัตินี้ และเป็นนิติบุคคล
มหาวิทยาลัยแม่โจ้มีฐานะเป็นหน่วยงานในกำกับของรัฐ ที่ไม่เป็นส่วนราชการตามกฎหมายว่าด้วยระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน กฎหมายว่าด้วยระเบียบบริหารราชการกระทรวงศึกษาธิการ และกฎหมายว่าด้วยการปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม และไม่เป็นรัฐวิสาหกิจตามกฎหมายว่าด้วยวิธีการงบประมาณและกฎหมายอื่น