ในเขตโครงการจัดรูปที่ดิน ถ้าที่ดินเดิมแปลงใดได้จำนองไว้ก่อนมีการประกาศเขตโครงการจัดรูปที่ดินตามมาตรา 39 ให้คณะกรรมการจัดรูปที่ดินจังหวัดดำเนินการประนีประนอมเพื่อให้เจ้าของที่ดินได้ไถ่ถอนจำนองหรือให้คู่สัญญาตกลงกันแก้ไขเปลี่ยนแปลงจำนองเป็นที่ดินแปลงใหม่ที่เจ้าของที่ดินผู้จำนองได้รับตามโครงการจัดรูปที่ดิน
ในกรณีที่คู่สัญญาตกลงกันแก้ไขเปลี่ยนแปลงจำนองเป็นที่ดินแปลงใหม่ตามวรรคหนึ่ง การจดทะเบียนไถ่ถอนจำนองและการจำนองใหม่ ให้ได้รับยกเว้นค่าธรรมเนียมการจดทะเบียนจำนองตามประมวลกฎหมายที่ดิน