ในการอนุมัติ อนุญาต ออกใบอนุญาต ให้ความเห็นชอบ หรือรับจดทะเบียนหรือรับแจ้งตามมาตรา 42 และมาตรา 42/1 ให้ กนอ. มีอำนาจเรียกเก็บค่าธรรมเนียม ค่าใช้จ่าย หรือค่าอื่นใดที่กฎหมาย ข้อบัญญัติ หรือเทศบัญญัติว่าด้วยการนั้นกำหนดไว้ และให้นำส่งหน่วยงานของรัฐที่มีอำนาจเรียกเก็บค่าธรรมเนียม ค่าใช้จ่าย หรือค่าอื่นใดนั้น ตามหลักเกณฑ์และวิธีการตามที่ได้ตกลงกัน
ให้ กนอ. มีอำนาจเรียกเก็บค่าบริการในการดำเนินการตามวรรคหนึ่งเพิ่มเติมได้ ตามอัตราที่คณะกรรมการกำหนด แต่ทั้งนี้ต้องไม่เกินอัตราร้อยละสิบของค่าธรรมเนียมที่เรียกเก็บตามวรรคหนึ่งและให้ค่าบริการนั้นเป็นรายได้ของ กนอ.