คณะกรรมการมีอำนาจหน้าที่กำหนดนโยบาย และกำกับการบริหารจัดการการประมง ดังต่อไปนี้
(1) กำหนดนโยบายการพัฒนาการประมงในน่านน้ำไทยให้สอดคล้องกับปริมาณของทรัพยากรสัตว์น้ำ และขีดความสามารถในการทำการประมง โดยคำนึงถึงจุดอ้างอิงเป็นสำคัญ
(2) กำหนดนโยบายการส่งเสริม พัฒนา และการแก้ไขปัญหาการประมงนอกน่านน้ำไทย
(3) กำหนดนโยบายการพัฒนาการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำของประเทศ
(4) กำหนดนโยบายการพัฒนาอุตสาหกรรมต่อเนื่องด้านการประมงของประเทศ
(5) กำหนดมาตรการในการดำเนินการควบคุมให้บรรลุตามนโยบายตาม (1) (2) (3) และ (4)
(6) กำหนดปริมาณสูงสุดของสัตว์น้ำที่จะทำการประมงในน่านน้ำไทย
(7) กำหนดแนวทางและเป้าหมายในการพัฒนาการประมงของประเทศให้สอดคล้องกับการอนุรักษ์ทรัพยากรสัตว์น้ำและสิ่งแวดล้อม
(8) กำหนดแนวทางในการบริหารจัดการทรัพยากรสัตว์น้ำให้อยู่ในภาวะที่เหมาะสมและสามารถทำการประมงได้อย่างยั่งยืน
(9) จัดทำรายงานผลการดำเนินงานประจำปีเสนอต่อคณะรัฐมนตรี และเผยแพร่ให้ประชาชนทราบ
(10) ปฏิบัติการอื่นใดตามที่กฎหมายกำหนดให้เป็นอำนาจหน้าที่ของคณะกรรมการ หรือตามที่คณะรัฐมนตรีมอบหมาย
นโยบายที่ได้จัดทำตาม (1) (2) (3) และ (4) ให้นำเสนอคณะรัฐมนตรีเพื่อพิจารณาให้ความเห็นชอบ และเมื่อคณะรัฐมนตรีให้ความเห็นชอบแล้ว ให้หน่วยงานของรัฐทุกหน่วยดำเนินการและกำกับการให้เป็นไปตามนโยบายดังกล่าว