ในการพิจารณาจัดสรรเงินกองทุนตามมาตรา 23 (1) ให้คณะกรรมการกองทุนพิจารณาคำขอจัดสรรในแผนปฏิบัติการเพื่อการจัดการคุณภาพสิ่งแวดล้อมในระดับจังหวัดตามมาตรา 39 เพื่อทำการก่อสร้าง หรือดำเนินการให้มีระบบบำบัดน้ำเสีย หรือระบบกำจัดของเสีย ซึ่งได้รับการจัดสรรงบประมาณแผ่นดินตามมาตรา 39 ให้แล้วส่วนหนึ่ง หรือราชการส่วนท้องถิ่นได้จัดสรรเงินรายได้ของราชการส่วนท้องถิ่นสมทบด้วยแล้วเป็นลำดับแรก
สัดส่วนระหว่างเงินงบประมาณแผ่นดิน หรือเงินรายได้ของราชการส่วนท้องถิ่นกับเงินกองทุนที่คณะกรรมการกองทุนจะพิจารณาอนุมัติจัดสรรให้ตามวรรคหนึ่ง ให้เป็นไปตามหลักเกณฑ์ที่คณะกรรมการสิ่งแวดล้อมแห่งชาติกำหนด