เลขาธิการมีหน้าที่และอำนาจ ดังต่อไปนี้
(1) รับผิดชอบการบริหารกิจการของสำนักงานให้เป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพและบรรลุผลสำเร็จตามวัตถุประสงค์ และเป็นไปตามกฎหมาย ระเบียบ ข้อบังคับ รวมทั้งนโยบาย แผน และมาตรการที่คณะกรรมการนโยบายกำหนด
(2) บังคับบัญชา บรรจุ แต่งตั้ง ถอดถอน เลื่อน ลด ตัดเงินเดือนหรือค่าจ้าง ลงโทษทางวินัยพนักงานและลูกจ้างของสำนักงาน ตลอดจนให้พนักงานหรือลูกจ้างของสำนักงานออกจากตำแหน่ง ทั้งนี้ ตามข้อบังคับที่คณะกรรมการนโยบายกำหนด แต่ถ้าเป็นตำแหน่งรองเลขาธิการและผู้ตรวจสอบภายในต้องได้รับความเห็นชอบจากคณะกรรมการนโยบายก่อน
(3) กำหนดระเบียบและวิธีปฏิบัติเกี่ยวกับการปฏิบัติงานของสำนักงาน พนักงานและลูกจ้าง โดยไม่ขัดหรือแย้งกับระเบียบ ข้อบังคับ หรือมติที่คณะกรรมการนโยบายกำหนด
(4) ออกระเบียบเพื่อปฏิบัติการตามพระราชบัญญัตินี้หรือเพื่อประโยชน์ในการดำเนินการภายในเขตพัฒนาพิเศษภาคตะวันออกให้เป็นไปตามหลักการบริหารกิจการที่ดีและหลักการพัฒนาอย่างยั่งยืน
(5) ปฏิบัติการอื่นตามที่คณะกรรมการนโยบายมอบหมาย
ในกิจการของสำนักงานที่เกี่ยวข้องกับบุคคลภายนอก ให้เลขาธิการเป็นผู้แทนสำนักงาน เพื่อการนี้ เลขาธิการอาจมอบอำนาจให้รองเลขาธิการหรือพนักงานกระทำการแทนก็ได้ และในกรณีมีความจำเป็นซึ่งมิใช่กรณีตามมาตรา 43 เลขาธิการอาจมอบอำนาจให้บุคคลอื่นกระทำการแทนได้ ทั้งนี้ ตามระเบียบที่คณะกรรมการนโยบายกำหนด
ระเบียบตาม (4) เมื่อได้รับความเห็นชอบจากคณะกรรมการนโยบายและประกาศในราชกิจจานุเบกษาแล้วให้ใช้บังคับได้