คณะกรรมการวินิจฉัยอากรศุลกากรมีอำนาจหน้าที่ ดังต่อไปนี้
(1) กำหนดขอบเขตการใช้อำนาจของพนักงานศุลกากร
(2) กำหนดหลักเกณฑ์ วิธีการ และระยะเวลาในการตรวจสอบและประเมินอากร
(3) วินิจฉัยปัญหาเกี่ยวกับอากรที่กรมศุลกากรขอความเห็น
(4) ให้คำปรึกษาหรือเสนอแนะแก่รัฐมนตรีในการจัดเก็บอากร
การกำหนดตาม (1) และ (2) เมื่อได้รับความเห็นชอบจากรัฐมนตรีและประกาศในราชกิจจานุเบกษาแล้ว ให้พนักงานศุลกากรปฏิบัติตาม
คำวินิจฉัยของคณะกรรมการวินิจฉัยอากรศุลกากรตาม (3) ให้เป็นที่สุด