ให้กรมควบคุมโรคเป็นสำนักงานเลขานุการของคณะกรรมการ คณะกรรมการด้านวิชาการ และคณะอนุกรรมการ รับผิดชอบงานธุรการ โดยให้มีอำนาจหน้าที่ ดังต่อไปนี้
(1) เป็นหน่วยงานกลางในการดำเนินการเกี่ยวกับการพิจารณาเสนอนโยบาย และวางระบบในการเฝ้าระวัง ป้องกัน และควบคุมโรคติดต่อ
(2) จัดทำระบบในการเฝ้าระวังโรคติดต่ออันตราย โรคติดต่อที่ต้องเฝ้าระวัง และโรคระบาดเพื่อเสนอต่อคณะกรรมการ
(3) จัดทำแผนปฏิบัติการเฝ้าระวัง ป้องกัน และควบคุมโรคติดต่อหรือโรคระบาดเพื่อเสนอต่อคณะกรรมการ
(4) เป็นศูนย์ข้อมูลกลางในการประชาสัมพันธ์หรือเผยแพร่ข้อมูลและข่าวสารเกี่ยวกับการเฝ้าระวัง การป้องกัน และการควบคุมสภาวการณ์ของโรคติดต่อและโรคระบาด
(5) เป็นหน่วยงานประสานงานในการติดตาม ประเมินผล และตรวจสอบการดำเนินการของคณะกรรมการโรคติดต่อจังหวัด และคณะกรรมการโรคติดต่อกรุงเทพมหานครเกี่ยวกับการดำเนินการตามแผนปฏิบัติการเฝ้าระวัง ป้องกัน และควบคุมโรคติดต่อหรือโรคระบาดที่คณะกรรมการให้ความเห็นชอบเพื่อเสนอต่อคณะกรรมการ
(6) ปฏิบัติการ ประสานการปฏิบัติ ให้การสนับสนุนและช่วยเหลือหน่วยงานของรัฐและเอกชน ให้เกิดการปฏิบัติการตามนโยบายและแผนการเฝ้าระวัง ป้องกัน และควบคุมโรคติดต่อ
(7) ส่งเสริม สนับสนุน และประสานงานทางด้านวิชาการ เวชภัณฑ์และวัสดุอุปกรณ์ในการเฝ้าระวัง ป้องกัน ควบคุม หรือวินิจฉัย เกี่ยวกับโรคติดต่อ
(8) ปฏิบัติการอื่นใดตามที่คณะกรรมการ คณะกรรมการด้านวิชาการ หรือคณะอนุกรรมการมอบหมาย