ให้คณะกรรมการมีอำนาจหน้าที่ ดังต่อไปนี้
(1) กำหนดนโยบาย วางระบบ และแนวทางปฏิบัติในการเฝ้าระวัง ป้องกัน และควบคุมโรคติดต่อ เพื่อให้หน่วยงานของรัฐ คณะกรรมการโรคติดต่อจังหวัด และคณะกรรมการโรคติดต่อกรุงเทพมหานคร ดำเนินการให้เป็นไปตามพระราชบัญญัตินี้
(2) พิจารณาให้ความเห็นชอบแผนปฏิบัติการเฝ้าระวัง ป้องกัน และควบคุมโรคติดต่อหรือโรคระบาด และเสนอคณะรัฐมนตรีให้ความเห็นชอบ
(3) เสนอความเห็นต่อรัฐมนตรีในการออกกฎกระทรวง ระเบียบ ประกาศและแนวทางปฏิบัติ เพื่อปฏิบัติตามพระราชบัญญัตินี้
(4) ให้คำปรึกษา แนะนำ และประสานงานแก่หน่วยงานของรัฐและเอกชนเกี่ยวกับการเฝ้าระวัง ป้องกัน และควบคุมโรคติดต่อ
(5) ติดตาม ประเมินผล และตรวจสอบการดำเนินงานของหน่วยงานของรัฐ คณะกรรมการโรคติดต่อจังหวัด และคณะกรรมการโรคติดต่อกรุงเทพมหานคร เพื่อให้ปฏิบัติตามแผนปฏิบัติการเฝ้าระวัง ป้องกัน และควบคุมโรคติดต่อหรือโรคระบาดที่คณะรัฐมนตรีให้ความเห็นชอบตาม (2)
(6) พิจารณาให้ความเห็นชอบหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขเกี่ยวกับการเบิกจ่ายค่าชดเชย ค่าทดแทน ค่าตอบแทน หรือค่าใช้จ่ายอื่นที่จำเป็นในการดำเนินการเฝ้าระวัง การสอบสวนโรค การป้องกัน หรือการควบคุมโรคติดต่อ
(7) แต่งตั้งคณะกรรมการด้านวิชาการหรือคณะอนุกรรมการ เพื่อปฏิบัติการตามพระราชบัญญัตินี้
(8) ปฏิบัติการอื่นใดตามที่พระราชบัญญัตินี้หรือกฎหมายอื่นบัญญัติให้เป็นอำนาจหน้าที่ของคณะกรรมการ หรือตามที่คณะรัฐมนตรีมอบหมาย