การจัดระเบียบข้าราชการกรุงเทพมหานครตามพระราชบัญญัตินี้ให้คำนึงถึงระบบคุณธรรม ดังต่อไปนี้
(1) การรับบุคคลเพื่อบรรจุเข้ารับราชการและแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่ง ต้องคำนึงถึงความรู้ ความสามารถของบุคคล ความเสมอภาค ความเป็นธรรม และประโยชน์ของทางราชการ
(2) การบริหารทรัพยากรบุคคล ต้องคำนึงผลสัมฤทธิ์และประสิทธิภาพขององค์กรและลักษณะของงาน โดยไม่เลือกปฏิบัติอย่างไม่เป็นธรรม
(3) การพิจารณาความดีความชอบ การเลื่อนตำแหน่ง และการให้ประโยชน์อื่นแก่ข้าราชการกรุงเทพมหานครต้องเป็นไปอย่างเป็นธรรม โดยพิจารณาจากผลงาน ศักยภาพ ความประพฤติและพฤติกรรมทางจริยธรรม และจะนำความคิดเห็นทางการเมืองหรือสังกัดพรรคการเมืองมาประกอบการพิจารณามิได้
(4) การดำเนินการทางวินัย ต้องเป็นไปด้วยความยุติธรรมและโดยปราศจากอคติ
(5) การบริหารทรัพยากรบุคคลต้องมีความเป็นกลางทางการเมือง